苗木城は諸説あるようですが、文元年(1532年)遠山直廉により築城されたと言われています。
本家の岩村城、明智城、そしてこの苗木城で、遠山三人衆と呼ばれていました。

直廉は織田信長に仕えていましたが、本家の岩村城が武田軍に降伏したことから武田に寝返り。
敵となった織田方の三木次郎左衛門との合戦で負傷し、その傷が元で死亡します。
信長は飯羽間城城主で同じ遠山氏の遠山友勝に苗木城主を命じ、友勝の死後は子の友忠が入って
最前線である苗木城の防衛にあたりますが、本能寺の変で信長が斃れると遠山氏は徳川方につきます。
一時は城を追われるもの関ヶ原の後に城主に返り咲き、１２代続いて明治維新を迎えました。